atwine/idsr dataset hosted on Hugging Face and contributed by the HF Datasets community

Disease reporting related factors associated with IDSR system.

Disease response and feedback related factors associated with IDSR system.

The dataset contains questions and answers over a text containing technical guidelines for disease surveillance in Malawi. For each question we mention the location in the text that applies. The dataset focuses on disease surveillance and can be used for tasks relevant to hierarchical text classification, machine learning, information retrieval, QA from texts and structured data, multi-document summarization and many other areas. Additionally the dataset can also be used in developing training materials and tests to be used as part of public health / community surveillance courses and degrees.

Methodology: The dataset has two parts: one that was obtained via an automatic process of extracting questions and answers from text and a gold standard containing questions and answers that have been curated by academics and public health experts.

Data Source: The source data for the dataset are six booklets containing the Technical Guidelines for Integrated Disease Surveillance in Malawi. The six booklets are specific to Malawi and have been adapted from the WHO Technical Guidelines for IDSR. The booklets are organised into sections covering different areas for disease surveillance and response. The citation for these Booklets is: The Malawi Technical Guidelines for Integrated Disease Surveillance and Response Technical Guidelines. Lilongwe, December 2020. Licence: CC BY-NC-SA 3.0 IGO Some rights reserved. This work is available under the Creative Commons Attribution-NonCommercialShareAlike 3.0 IGO licence (CC BY-NC-SA 3.0 IGO; https://creativecommons.org/licenses/by-ncsa/3.0/igo).

Files Structure:

CSV containing questions, answers, booklet, paragraph.

CSV containing the keywords that are contained in answers.

Each question and answer corresponds to paragraphs taken from specific booklets. Hence for each question, the CSV specifies which bookle and which paragraphs within that booklet were used to answer the question.

The excel files containing the content of the six booklets with all paragraphs numbered.

Images do not appear in the Excel files but are numbered

Here is an example of the data contained in the dataset:

Format of the file containing keywords:

Acknowledgements and Copyright statements

The dataset is available under: CC BY-NC-ND 4.0 Legal Code | Attribution-NonCommercial-NoDerivs 4.0 International | Creative Commons

Aggregated IDSR 003 Monthly Data for 2013 and 2015. This is an aggregate for all the IDSR 003 reportable diseases in the years specified.

Data collection tools related factors associated with IDSR system.

Key findings by core and support functions assessed under IDSR.

*We took the perspective of the government-funded public health care system. We measured the effectiveness by subtracting the number of cases, deaths, and sequelae of each of the 86 outbreaks after IDSR from each of the 105 outbreaks before IDSR. We then re-ran the analysis excluding the 1996, before IDSR data.†We calculated the median, 25th and 75th percentile cost-effectiveness based on the difference of the generated health outcomes (after IDSR versus before IDSR) distribution.#We estimated the treatment costs avoided by multiplying the mean medical cost ($62.25) per meningitis patient by the number of cases averted.Data Source: WHO Multi-Diseases Surveillance Center, Ouagadougou, Burkina Faso. We calculated the number of sequelae by assuming 20% of all meningitis illness-related survivors have neurological defects.

Case detection and logistics related factors associated with IDSR system.

Resumo

O primeiro inquérito demográfico e de saúde reprodutiva (IDSR) realizado em 1998 permitiu dotar o país de uma grande massa de informação estatística de valor sobre diversos aspectos (demográfica, cultural e sócio-económica) que conjugados determinam o nível e a evolução dos indicadores demográficos e sanitários. Importa assim traçar o contexto geográfico cultural e socio-economico do inquérito, por forma a melhor enquadrar a análise dos resultados, procurando que esta não seja meramente descritiva.

1.1. Caracterização do País Foi abordado as características do país através dos seguintes temas: Situação geográfica Situação económica Características da população Situação socio-sanitária Política de população

Geographic coverage

Nacional

Analysis unit

Agregado Familiar

Universo

5 ilhas de Cabo Verde De âmbito nacional, o IDSR abrangeu as ilhas de Santiago, São Vicente, Santo Antão, Fogo e Brava, ilhas essas que albergam cerca de 92% da população do país. Com excepção de Santiago, cada uma das ilhas constituem um domínio de estudo. A ilha de Santiago foi dividida em 4 domínios de estudo: Praia e São Domingos, Tarrafal e Calheta, Santa Cruz e Santa Catarina.

Kind of data

Dados de inquérito por amostragem [ssd]

Sampling procedure

De âmbito nacional, o IDSR abrangeu as ilhas de Santiago, São Vicente, Santo Antão, Fogo e Brava, ilhas essas que albergam cerca de 92% da população do país. Com excepção de Santiago, cada uma das ilhas constituem um domínio de estudo. A ilha de Santiago foi dividida em 4 domínios de estudo: Praia e São Domingos, Tarrafal e Calheta, Santa Cruz e Santa Catarina. O Inquérito Demográfico e de Saúde Reprodutiva de Cabo Verde, IDSR, abrangeu a população residente em alojamentos dos agregados familiares do país. Dos 8.944 agregados seleccionados com o objectivo de inquirir mulheres com idade compreendida entre 15-49 anos, 8.665 encontravam-se ocupados. Foram obtidas 8.322 entrevistas completas, correspondendo a 93%. De realçar que a percentagem de recusa foi muito baixa (1,4 %), com valor mais elevado em Santa Catarina (1,9 %). Foram identificadas pelo questionário do agregado familiar um total de 6.615 mulheres elegíveis, das quais foram obtidas 6.250 entrevistas completas(94,5%). A taxa de resposta para o questionário individual de mulheres variou entre 97,7% no Fogo e 88,8% em Santo Antão. Do total, apenas 1% das mulheres seleccionadas recusaram a responder, sendo esta proporção mais alta em Santo Antão (2%). Cerca de 2,6% das mulheres seleccionadas não foram inquiridas por se encontrarem ausentes do agregado.

Sampling deviation

A nível do país, 3% dos homens seleccionados recusaram a responder, ao questionário, sendo esta percentagem mais alta na Praia e em Santo Antão com 4,9% e 4,2%, respectivamente. Cerca de 9,4% dos homens não foram inquiridos por se encontrarem ausentes do agregado. A percentagem de ausência entre os homens foi mais alta em Santa Catarina (17,4%) e mais baixa no Tarrafal (3,3%).

Mode of data collection

Cara à cara [f2f]

Research instrument

Os instrumentos foram testados em Janeiro de 1998 em duas zonas urbanas ( Brasil na cidade da Praia e Fonte Francês em S. Vicente ) e em duas zonas rurais ( Achada Laje em Santa Cruz e João Garrido em S. Domingos) . Cada família - amostra foi visitada e entrevistada, através do chefe ou de alguém que responda pelo chefe. Esta entrevista consistiu na identificação da família , tendo sido uma forma de se listar todos os seus membros. No fim desta primeira abordagem seleccionou-se a mulher e/ou homem elegíveis para a entrevista individual em separado .

Cleaning operations

A entrada de dados teve início duas semanas após o término dos trabalhos no domínio de estudo da Praia- São Domingos (segunda semana de Abril). Fez-se uso do Sistema Survey para entrada de dados, que interagiu com um programa de consistência específicamente elaborado para os questionários utilizados na pesquisa, possibilitando a detecção de inconsistências da colecta e digitação. Para a tabulação e análise estatística utilizou-se o SPSS.

O processamento envolveu processos manuais e automáticos : recepção e verificação dos questionários, digitação, análise de inconsistência e supervisão, envolvendo 1 supervisor geral, 3 verificadores e 6 digitadores. Para assegurar a qualidade das informações recolhidas, o trabalho de terreno foi acompanhado pelos técnicos da Célula de Execução, nomeadamente, o Coordenador Nacional, o Responsável das Operações no Terreno e a Coordenadora Técnica, que realizaram várias visitas ao terreno. Além disso , durante a recolha de dados foi realizado um rigoroso controle a nível de cada equipa sobre o processo de recolha, mediante detecção de erros por parte da controladora e do supervisor e sua correcção imediata antes da equipa deixar o distrito.

A nível central, os questionários foram verificados mais uma vez pela equipa de verificação e os problemas encontrados comunicados à Coordenadora Técnica para resolução e algumas vezes devolvidos ao terreno para correcção.

Response rate

Foram identificadas pelo questionário do agregado familiar um total de 6.615 mulheres elegíveis, das quais foram obtidas 6.250 entrevistas completas(94,5%). A taxa de resposta para o questionário individual de mulheres variou entre 97,7% no Fogo e 88,8% em Santo Antão. Do total, apenas 1% das mulheres seleccionadas recusaram a responder, sendo esta proporção mais alta em Santo Antão (2%). Cerca de 2,6% das mulheres seleccionadas não foram inquiridas por se encontrarem ausentes do agregado.

Sampling error estimates

O desenho e as etapas da amostragem bem como a metodologia do campo estão apresentados com detalhes no apêndice A. Alguns domínios são “sobreamostrados” e outros “subamostrado” o que torna necessário realizar factores de ponderação para cada domínio. Como a proporção de mulheres (homens) na amostra não é igual à proporção de mulheres (homens) em cada domínio, o desenho da amostragem não é auto ponderada para resultados a nível do país e ilha de Santiago. Os factores de ponderação estão também apresentados no apêndice A. No apêndice B, estão apresentados os erros de amostragem segundo o tamanho da amostra e valor da variável, assumindo um efeito de desenho médio de 1,4.

Data appraisal

Controle de qualidade: Para assegurar a qualidade das informações recolhidas, o trabalho de terreno foi acompanhado pelos técnicos da Célula de Execução, nomeadamente, o Coordenador Nacional, o Responsável das Operações no Terreno e a Coordenadora Técnica, que realizaram várias visitas ao terreno. Além disso , durante a recolha de dados foi realizado um rigoroso controle a nível de cada equipa sobre o processo de recolha, mediante detecção de erros por parte da controladora e do supervisor e sua correcção imediata antes da equipa deixar o distrito. A nível central, os questionários foram verificados mais uma vez pela equipa de verificação e os problemas encontrados comunicados à Coordenadora Técnica para resolução e algumas vezes devolvidos ao terreno para correcção.

Observações relativas aos resultados nos quadros: As percentagens são apresentadas com uma casa decimal e são valores ponderados. Os números de casos dos quadros são valores não ponderados.

Formatted data that was used to do the analysis on STATA.

Disease confirmation related factors associated with IDSR system.

Socio-demographic factors associated with IDSR system.

Abstract

O Inquérito Demográfico e de Saúde Reprodutiva (IDSR-II) é o segundo inquérito do género realizado em Cabo Verde. Trata-se de uma pesquisa por sondagem, executada pelo INE e pelo Ministério da Saúde. Tem como objectivo fornecer informações sobre a fecundidade, a mortalidade das crianças menores de cinco anos, o planeamento familiar, a saúde materna e infantil, as IST, o VIH/SIDA, e a violência doméstica. A inovação em relação ao primeiro IDSR, realizado em 1998, provém do facto de permitir, através da introdução do teste do VIH e da análise da hemoglobina, medir a prevalência do VIH e da anemia.

Durante o inquérito, realizado de Julho a Novembro de 2005, foram entrevistados com sucesso 5712 agregados familiares, 5505 mulheres dos 15-49 anos e 2644 homens dos 15-59 anos, seleccionados na metade dos agregados. Foi nestes agregados que se realizou o teste do VIH e a análise de hemoglobina. A violência doméstica contemplou um terço dos agregados, nos quais foram entrevistadas 1333 mulheres.

As informações recolhidas são significativas a nível nacional, por meio de residência urbano e rural e a nível dos 11 domínios de estudo: a cidade da Praia, Santiago Norte, o Resto de Santiago e as 8 restantes ilhas constituem cada, um domínio de estudo.

O IDSR-II é um inquérito típico que se realiza em vários países do mundo, sendo o Segundo que se efectua em Cabo Verde. Para além dos módulos clássicos dos inquéritos demográficos e sanitários, juntou-se o teste do VIH e de hemoglobina. Os principais objectivos deste inquérito são: - Actualizar os dados sobre as características sócio-demográficas da população; - Medir o nível e a tendência da fecundidade e da mortalidade das crianças, assim como os seus determinantes; - Determinar o nível de conhecimento e de utilização dos métodos contraceptivos; - Recolher dados sobre a saúde materna e infantil nomeadamente sobre as consultas prénatale pós-natal, assistência ao parto, o aleitamento materno, a vacinação, a frequência de doenças diarreicas, da febre e de IRAs nas crianças; - Medir a prevalência da violência doméstica; - Conhecer melhor a sexualidade dos jovens; - Medir o nível de conhecimento, as opiniões e o comportamento das mulheres e dos homens em relação à transmissão e à prevenção do VIH/SIDA e outras IST; - Medir a prevalência do VIH/SIDA; - Medir a prevalência da anemia.

RESULTADOS

Para além de ter permitido determinar os níveis de evolução de variáveis anteriormente estudadas aquando da realização do Primeiro Inquérito Demográfico e de Saúde Reprodutiva, IDSR-I, em 1998, esta importante operação estatística, representou uma ocasião ímpar para a realização do segundo inquérito nacional de seroprevalência do VIH na população sexualmente activa, bem com estudar a prevalência da anemia.

Os resultados do Segundo Inquérito demográfico e de Saúde Reprodutiva, o IDSR-II, revelam ganhos extraordinários na saúde em Cabo Verde, mas também desafios que a todos interpelam, designadamente, o Governo, as famílias e a sociedade civil.

Os dados indicam que o acesso aos cuidados pré-natal pelas mulheres grávidas durante a gestação do último filho nascido nos cinco anos anteriores ao inquérito é de 98%, sem diferenças entre o meio urbano e o rural. Cerca de 54% das mulheres tiveram a primeira consulta pré-natal antes de decorridos 4 meses de gravidez. A assistência ao parto por um pessoal de saúde é expressiva: cerca de 78%, das quais 32% foram atendidas por médicos e 46% por enfermeiras.

Os níveis de conhecimento sobre o VIH/SIDA são muito elevados: cerca de 100% das pessoas conhece ou ouviu falar do VIH. A prevalência do VIH em Cabo Verde é de 0,8% sendo 1,1% para os homens e 0,4% para as mulheres.

A prevalência da anemia nas s crianças de idade compreendida entre os 6 e os 59 meses é de 52%. Nas mulheres a anemia constitui também um problema de saúde publica, visto que 29% das mulheres sofrem de carência em ferro, sendo 43% nas grávidas e 36% nas mulheres aleitando.

Geographic coverage

National

Analysis unit

• Household
• Children under five years
• Women age 15-49
• Men age 15-59

Universe

Foram inquiridas todas as mulheres elegíveis (mulheres de 15 a 49 anos) para a entrevista individual em privado e todos os homens elegíveis (homens de 15 a 59 anos) nos agregados seleccionados para o efeito, nas mesmas condições.

Kind of data

Sample survey data

Sampling procedure

BASE DE SONDAGEM

O recenseamento da população realizado no ano 2000 serviu de base de sondagem. A base de sondagem é um ficheiro informático de 561 Distritos de Recenseamento (DR) criados para as necessidades do recenseamento de 2000. Nessa base, cada DR aparece com todos os seus códigos geográficos/administrativos, seu tamanho populacional e tipo de meio de residência. Os limites de cada DR são identificáveis em mapas criados para as necessidades do recenseamento de 2000.

AMOSTRAGEM

O IDSR-II abrangeu todas as ilhas de Cabo Verde. Com excepção da ilha de Santiago, que foi dividida em três domínios de estudo, ou seja, Praia Urbano, Santiago Norte e Resto de Santiago, cada uma das restantes ilhas constitui um domínio de estudo. [Inicialmente o plano de sondagem foi elaborado de forma a ter Praia e o Resto de Santiago. Posteriormente na elaboração dos resultados, distinguiu-se os domínios de Praia Urbano, Santiago Norte (que agrupa Santa Catarina, São Salvador do Mundo, Tarrafal, e São Miguel), e Resto de Santiago (Praia Rural, Ribeira Grande de Santiago, São Domingos, Santa Cruz, São Lourenço dos Órgãos).

O método de amostragem foi probabilístico realizado em duas etapas. Numa primeira etapa foram seleccionados 223 Distritos de Recenseamento (DRs) enquanto Unidades Primárias de Sondagem (UPS). Esses DRs foram actualizados, listando-se todos os agregados familiares ali residentes. Na segunda etapa foram seleccionados os agregados familiares da amostra donde provieram as mulheres e os homens elegíveis para a entrevista individual, sendo a idade o critério de elegibilidade. Em todos os agregados amostras foram inquiridos todos os homens e mulheres ilegíveis ali residentes, de acordo com o critério de selecção. Os homens foram inquiridos em um meio agregados familiares amostras.

Sub-amostra para o estudo da violência doméstica

A selecção de mulheres para responder à secção sobre a violência doméstica foi realizada em um terço dos agregados familiares, perfazendo um total de 1333 agregados familiares. Em cada agregado da amostra apenas uma mulher elegível foi entrevistada.

Sub-amostra para o teste do VIH

Os testes de VIH foram realizados em todas as mulheres de 15-49 anos e todos os homens de 15-59 anos residentes nos agregados familiares onde foram inquiridos homens. Com base neste pressuposto foram seleccionados um total de 6699 indivíduos, entre os quais, 84% aceitou fazer o teste. Entre os indivíduos elegíveis, 3351 são mulheres, das quais 88% fez o teste e, 3348 são homens, dos quais 79% fez o teste. Este teste foi realizado com sangue capilar, depois da entrevista e do consentimento esclarecido dos inquiridos. A percentagem de teste foi mais elevada no meio urbano (85%) do que no rural (83%). O mesmo se verifica entre os dois sexos.

Sub-amostra para o teste de anemia

O teste de anemia foi realizado com sangue capilar recolhido em todos os homens e mulheres elegíveis e que aceitaram fazer o teste do VIH. Entre os homens com teste do VIH completo, foram realizados 2655 testes de anemia e, entre as mulheres com teste do VIH completo, foram realizados 2941 testes de anemia. Este teste foi realizado também no seio de 1 107 crianças dos 6-59 meses residentes nos agregados familiares onde foram inquiridos os homens.

Mode of data collection

Face-to-face [f2f]

Research instrument

Para a recolha de dados, adoptou-se a metodologia de entrevistas aos agregados familiares, com aplicação de três tipos de questionários: - Questionário do Agregado Familiar - Questionário Individual Mulher - Questionário Individual Homem

Os questionários tiveram como base o modelo standard utilizado pelos Inquéritos Demográficos e de Saúde. Para além disso, foram contextualizados e introduziram-se questões específicas para satisfazer as necessidades do país. Os mesmos foram testados em Abril de 2005 em zonas urbanas da Praia (Achada Brasil, Achada Grande Frente) e zonas rurais do interior da ilha de Santiago (Santa Cruz e São Salvador do Mundo).

Cada agregado familiar da amostra foi visitado e entrevistado através do chefe ou de alguém que responda pelo chefe. Esta entrevista consistiu na identificação do agregado familiar e listagem de todos os seus membros. No final desta primeira abordagem foram inquiridas todas as mulheres elegíveis (mulheres de 15 a 49 anos) para a entrevista individual em privado e todos os homens elegíveis (homens de 15 a 59 anos) nos agregados seleccionados para o efeito, nas mesmas condições.

Cleaning operations

O tratamento de dados compreendeu as seguintes fases:

i) Actualização da lista dos agregados familiares

Utilizou-se o software LSD (Logiciel de Saisie des Données) para digitação dos dados da actualização da lista dos agregados familiares residentes nos DRs amostras. A digitação decorreu no período compreendido entre Janeiro e Fevereiro de 2005, com a participação de 6 digitadores. Seguidamente, fez-se a exportação da base de dados para o SPSS 12.0, onde se fez a selecção dos agregados familiares da amostra em cada DR.

ii) Processamento de dados

Para

Literature summary and quality appraisal.

Integrated disease surveillance and response related factors.

Summary of key study recommendations from the reviewed studies.

BackgroundEffective surveillance for infectious diseases is an essential component of public health. There are few studies estimating the cost-effectiveness of starting or improving disease surveillance. We present a cost-effectiveness analysis the Integrated Disease Surveillance and Response (IDSR) strategy in Africa.Methodology/Principal FindingsTo assess the impact of the IDSR in Africa, we used pre- and post- IDSR meningococcal meningitis surveillance data from Burkina Faso (1996–2002 and 2003–2007). IDSR implementation was correlated with a median reduction of 2 weeks to peak of outbreaks (25th percentile 1 week; 75th percentile 4 weeks). IDSR was also correlated with a reduction of 43 meningitis cases per 100,000 (25th–40: 75th-129). Assuming the correlations between reductions in time to peak of outbreaks and cases are related, the cost-effectiveness of IDSR was $23 per case averted (25th-$30; 75th - cost saving), and $98 per meningitis-related death averted (25th-$140: 75th – cost saving).Conclusions/SignificanceWe cannot absolutely claim that the measured differences were due to IDSR. We believe, however, that it is reasonable to claim that IDSR can improve the cost-effectiveness of public health surveillance.

Key themes and sub-themes identified from key informants.

Note: We took the perspective of the government-funded public health care system. We compared health outcomes for each of the 105 outbreaks before IDSR with each of the 86 outbreaks after IDSR implementation. We then re-ran these paired comparisons excluding the 1996, before IDSR data.*The median cost-effectiveness was calculated using the median cost of IDSR activities and the difference in the number of outcomes of the median (25th percentile –75th percentile) outbreak before and the median (25th percentile –75th percentile) after IDSR implementation, respectively.§See reference 26. No vaccine cost included because no evidence found of incremental importation of vaccine doses correlated with implementation of IDSR (see Figure 1 and also Table S7).#We estimated the treatment cost-saving by multiplying the mean medical cost ($62.25) per meningitis patient by the difference in the number of cases per outbreak that occurred before IDSR versus after IDSR.¶We calculated the number of sequelae by assuming 20% of all meningitis illness-related survivors have neurological defects.Data Source: IDSR cost data (see reference 26). We obtained annual population data and district level weekly meningitis cases and deaths from the WhO-MDSC in Ouagadougou, Burkina Faso.